Mardi 30 octobre à 15h
Certaines protéines qui interagissent avec l’ADN sont capables de trouver très rapidement une séquence spécifique de quelques paires de bases sur des ADNs pouvant contenir plusieurs milliers de paires de bases. Pour expliquer ce phénomène connu des biologistes depuis plus de trente ans, plusieurs mécanismes de localisation, regroupés sous le terme de "diffusion facilitée" ont été proposés. Tous supposent une association initiale à de l’ADN non spécifique, suivie d’une translocation le long de l’ADN jusqu’au site de reconnaissance. Le mécanisme qui sous-tend cette translocation est toujours discuté, et pourrait impliquer une diffusion linéaire le long de l’ADN, dénommée "sliding" et/ou une série de sauts ("jumping").
Pour élucider le mécanisme de diffusion facilitée, nous avons utilisé la microscopie de fluorescence par onde évanescente pour visualiser l’interaction d’une unique protéine -l’enzyme de restriction EcoRV- avec de l’ADN non-spécifique. Dans nos expériences in vitro, une molécule d’ADN est étirée, attachée par ses extrémités à une surface, et les enzymes sont couplées à des fluorophores (Cy3B). Nous sommes parvenus ainsi à visualiser directement les processus de "sliding" et de "jumping". Nous avons mesuré le coefficient de diffusion 1D des enzymes le long long de l’ADN (D1 0,01 µm²/s) ainsi que la fréquence et la longueur des sauts 3D. Un modèle simple a permis à partir des résultats expérimentaux, de caractériser la diffusion facilitée d’EcoRV.
RECRUTEMENT ACCES DIRECT
Le département de physique
Le Laboratoire de Physique de l’ENS 